Puskesmas Mlati II dahulu adalah rumah sakit pembantu milik Rumah Sakit Petronella (kini RS Bethesda) yang dibuka tahun 1929. Lokasi Puskesmas berada di dekat Pabrik Gula Cebongan yang dibangun tahun 1879 oleh keluarga Enger. Karena krisis malaise, rumah sakit pembantu sempat ditutup tahun 1932, lalu kembali dibuka tahun 1935. Sesudah kemerdekaan, pengelolaan Puskesmas Mlati II diserahkan kepada pemerintah.
Bangunan ini telah ditetapkan sebagai Cagar Budaya dengan SK Bupati Sleman nomor 6.13/Kep.KDH/A/2019 pada 1 Februari 2019.
Bangunan Puskesmas Mlati II memiliki ciri arsitektur Indis yang ditandai dengan langit-langit dan jendela yang tinggi memiliki beranda depan dan belakang, denah simestris serta memiliki bangunan tambahan di samping kanan kiri bangunan induk.
Puskesmas Mlati II memiliki nilai penting bagi sejarah karena berkaitan dengan sejarah pelayanan kesehatan oleh zending masa kolonial.
UU No 11 TH 2020 Tentang CAGAR BUDAYA
Pasal 66
- Setiap orang dilarang merusak Cagar Budaya, baik seluruh maupun bagian-bagiannya dari kesatuan, kelompok, dan/atau dari letak asal.
- Setiap orang dilarang mencuri Cagar Budaya, baik seluruh maupun bagian-bagiannya dari kesatuan, kelompok, dan/atau dari letak asal.
Pasal 105
Setiap orang yang dengan sengaja merusak Cagar Budaya sebagaimana dimaksud dalam pasal 66 ayat (1) dipidana dengan pidana penjara paling singkat 1 (satu) tahun dan/atau denda paling sedikit Rp.500.000.000,00 (lima ratus juta rupiah) dan paling banyak Rp. 5.000.000.000,00 (lima milyar rupiah)